Monografsko djelo Gotičko kiparstvo u Istri (autoričina doktorska disertacija, 1963. u Ljubljani) prva je sinteza istarske gotičke umjetnosti i velik doprinos našoj i europskoj znanosti. Sabire njezino dvadesetogodišnje istraživanje gotičke plastike u Istri kojim je otkrila nepoznate stranice naše prošlosti. Velik dio umjetničke građe tek je tada pronađen, prepoznat, fotografiran, evidentiran i obrađen. Neke je skulpture otkrivala po crkvama, grobnim kapelicama, tavanima kuća, u podrumima i u spremištima, stručno i znanstveno ih obradila te je broj do tada poznatih 17 plastika gotičkoga kiparstva u Istri povećala na 145. Unutar okvira i standarda europske gotike istaknula je lokalna obilježja radionica i individualne značajke domaćih meštara, dala je važnost i značenje regionalnom izrazu rane i kasne gotike u Istri i na tome gradila dokaze autentičnosti i izvornosti istarske gotičke skulpture.

Malo je majstora ostavilo tragove uklesane ili urezane datacije ili svoga imena. Identitet istarskih domaćih majstora, klesara i rezbara najčešće je bilo moguće odrediti jedino na temelju njihovih radova. Zapažala je u obradbi njihovu tešku ruku i njihovu kiparsku misao zaustavljenu u prostoru između umjetničkoga i obrtničkoga. Često je umjesto imena stavljala oznaku radionice: koparske, ljubljanske ili labinske (labinskoj radionici pripisala je dvije Madone iz Labina, od kojih je jedna nestala, Madonu iz Šišana i Madonu iz Plomina). Čuveni pulski poliptih, najreprezentativnija gotička plastična umjetnina u Istri, pripisivao se Jakovu iz Pule, ali ga je Vanda Ekl pripisala Vivarinijevu krugu. Samo je iskusno oko stručnjaka moglo odrediti pripadnost ruci, radionici, umjetničkom krugu, utjecajima, prepoznati domaće majstore koji su njegovali romaničku tradiciju, a gotiku teško prihvaćali. Posao razvrstavanja po podrijetlu, stilskim obilježjima, utjecajima i kvaliteti te svrstavanja u stilske, vremenske i vrijednosne grupe otežavali su joj uvezeni kipovi (često prvorazredne kvalitete) koje je trebalo izdvojiti od onih nastalih u domaćim radionicama, često s retardacijama, oslonjenih na tradiciju. Ostavština domaćih meštara neujednačenih je stilskih obilježja i vrijednosti, no Vanda Ekl znala je uočiti vrijednost domaće skulpture mjerenu ne samo estetskim kriterijima već i životom kraja i vremena u kojemu je djelo nastalo.