Henri Jozef Machiel Nouwen rođen je 24. siječnja 1932. godine u Nijkerku u Nizozemskoj. Bio je najstarije od četvero djece u obitelji.
Zaređen je za katoličkog svećenika Nadbiskupije Utrecht 21. srpnja 1957. godine. Umjesto daljnjeg studija teologije, dobio je dopuštenje studirati psihologiju na Katoličkom sveučilištu u Nijmegenu, a kasnije je dvije godine proveo na Menninger Clinic u Kansasu, gdje se usavršavao.
Nakon toga predavao je na više uglednih sveučilišta: na Sveučilištu Notre Dame, Yale Divinity School (1971.–1981.) i Harvard Divinity School. Tijekom akademske karijere napisao je brojne knjige i članke o duhovnosti, pastoralnoj teologiji i kršćanskom životu. Među najvažnijim utjecajima bili su mu Thomas Merton, Jean Vanier i Anton Boisen.
Godine 1986. napustio je Harvard i preselio se u zajednicu L’Arche Daybreak u Richmond Hillu u Kanadi, gdje je živio i radio s osobama s intelektualnim i razvojnim teškoćama. Tamo je bio duhovnik i posebno se vezao uz člana zajednice Adama Arnetta, o čemu je napisao knjigu ‘Adam: Božji ljubimac’.
Nouwen je autor više od 40 knjiga koje su prevedene na desetke jezika i koje su snažno utjecale na suvremenu kršćansku duhovnost, naglašavajući ranjivost, prijateljstvo i život u zajednici.
Umro je 21. rujna 1996. godine u dobi od 64 godine.