Kongregacija za katolički odgoj stvorena je 1588. godine papinskim ustavom Immensa pape Siksta V. kao Congregatio pro universitate studii romani, s nadležnošću nad Rimskim sveučilištem i drugim velikim sveučilištima toga doba.Godine 1824. papa Lav XII. preustrojio ju je u Congregatio studiorum za škole Papinske Države; od 1870. postupno je preuzela nadzor nad katoličkim sveučilištima. Papa Benedikt XV. 1915. pridružio joj je odjel za sjemeništa i dao naziv Congregatio de Seminariis et Studiorum Universitatibus.Nakon Drugoga vatikanskog koncila papa Pavao VI. 1967. preimenovao ju je u Sacra Congregatio pro institutione Catholica i proširio odgovornost na katoličke škole. Godine 1988., ustavom Pastor Bonus, dobila je ime Kongregacija za katolički odgoj. Godine 2013. nadležnost nad sjemeništima prenesena je na Kongregaciju za kler.
Prestala je postojati 5. lipnja 2022., kada je spojena s Papinskim vijećem za kulturu u Dikasterij za kulturu i obrazovanje. Tijekom djelovanja objavljivala je ključne dokumente o katoličkoj školi i odgoju.