Marija Pehar rođena je u Ljubuškom (BiH), gdje je završila osnovnoškolsko i srednjoškolsko obrazovanje. Članica je redovničke zajednice Školskih sestara franjevki. Studij teologije završila je 1993. godine u Zagrebu, a 2005. godine stekla je titulu doktora znanosti na Teološkom fakultetu Sveučilišta Ludwig-Maximilians u Münchenu, na katedri za dogmatsku i ekumensku teologiju.

Profesorica je na Katedri za dogmatsku teologiju Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu od 2007. godine. Autorica je triju knjiga i brojnih znanstvenih radova. Sudjeluje u uredništvu znanstvenog časopisa za intelektualna i duhovna pitanja „Nova prisutnost” te u uredništvu časopisa za crkvenu povijest Instituta za crkvenu povijest KBF-a „Croatica christiana periodica”. Dopisna je članica Papinske međunarodne marijanske akademije (PAMI) sa sjedištem u Rimu te članica Hrvatskog mariološkog instituta, znanstveno-istraživačkog instituta Katoličkog bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.

Na Katedri za dogmatsku teologiju KBF-a Sveučilišta u Zagrebu predaje kolegije Otajstvo Trojedinoga Boga i Mariologiju, Trinitarnu teologiju te različite izborne kolegije i seminare. Također je članica Konferencije profesora dogmatske, fundamentalne, otačke i ekumenske teologije.