Knjiga Ispovjednikove noćne misli. Vjera u vremenima neizvjesnosti sadržava šesnaest eseja u kojima će čitatelj pronaći kritička razmišljanja o stanju i aktualnim problemima našeg svijeta te o aktualnim transformacijama religije, ljubazno humoristične provokacije na račun vlastitih redova, filozofske meditacije o paradoksalnim biblijskim izjavama i psihološke uvide iz autorovog dugogodišnjeg iskustva u duhovnom praćenju ljudi koji stoje između vjere i sumnje i koji traže odgovore na ozbiljna životna pitanja. Kako suvremeni svijet izgleda iz perspektive ispovjednika – osobe koja je godinama slušala druge, pokušavala ih razumjeti i tražila izlaze iz kriznih situacija u životu s njima? „Svaka kriza je prilika“, tvrdio je otac dubinske psihologije, C. G. Jung – a Tomáš Halík u krizama suvremenog svijeta, krizama postojećih oblika religije i kriznim situacijama pojedinaca vidi izazov da se „ide u dubinu“. Ispovjednikove noćne misli su knjiga zapažanja jednog ispovjednika; to nije knjiga sa savjetima za ispovjednike ili za one koji se ispovijedaju. Riječ je o zapažanjima svećenika koji pokušava strpljivo i pažljivo slušati, razlikovati, razumjeti; pokušavam ugoditi i ohrabriti ili natjerati osobu da razmisli skriva li nešto bitno od sebe same: „Ovdje se više želim pozabaviti problematikom kako kao čovjek gledam na ovo vrijeme i ovaj svijet – na njegov vanjski i nutarnji izgled – kao netko naviknut slušati druge dok ispovijedaju svoje grijehe i padove, dok mu povjeravaju svoje nutarnje borbe, svoje slabosti i sumnje, a isto tako i svoju želju za oproštenjem, pomirenjem i nutarnjim ozdravljenjem, dakle za novim početkom“ (iz prvog poglavlja Ispovjednikovih noćnih misli).